クリーンエネルギーの一種で、農作物や森林にある木などの植物（バイオマス）を原料にして作られる燃料のことです。
化石燃料の場合限りある資源ですが、バイオ燃料は植物を原料としているため新たに生み出せる資源になります。
今バイオ燃料として主に作られているのは、ガソリンへの混合利用を目的としたバイオエタノールと、軽油の代替燃料としてのバイオディーゼル燃料の２種類です。

バイオ燃料は、原料となる植物が光合成で二酸化炭素を吸収するので、バイオ燃料を燃焼させても、地球温暖化防止協定上のCO₂（排出量はゼロカウントとなります。
つまり、植物からできたバイオ燃料を燃やして二酸化炭素を発生させたとしても、それは、もともと今の地球で植物が取り込んでいる二酸化炭素と同じ量しか発生しないので、空気中に排出される二酸化炭素のプラスマイナスがゼロになります。
これをカーボンニュートラルと言います。このため、各国は温室効果ガスの排出削減の手段としてバイオ燃料の導入を進めています。